BERNASNEWS.COM — Aplikasi Multi-Objective Genetic Algorithm (MOGA) mempercepat deteksi Deoxyribo Nucleic Acid (DNA) manusia, hewan dan tanaman. Hal ini terjadi karena penggunaan MOGA dipadukan dengan teknik multi-threading sehingga dapat menangani desain dari beberapa sekuen dalam satu proses. Dan penambahan teknik multi-threading membuat aplikasi ini dapat memproses banyak sekuen dalam satu kali proses.
“Bila cara manual hanya 40 sekuen dalam satu hari jam kerja, namun dengan menggunakan MOGA kecepatan penentuan DNA primer dan probe mencapai 1.000 sekuen per tiga jam,” Cahyo Dwi Raharjo, Mahasiwa Program Studi Teknik Informatika, Program Magister Fakultas Teknologi Industri UII kepada wartawan di kampus setempat, Jumat (28/6/2019).
Dikatakan, multi-threading tidak seperti perulangan yang memiliki konsep sama yaitu dapat menjalankan semua sekuen dalam satu proses. Perbedaan dari multi-threading dengan perulangan adalah jika perulangan akan menunggu satu per satu sekuen diproses, sedangkan multi-threading memproses beberapa sekuen secara bersama bergantung pada jenis processor yang digunakan.
Aplikasi ini merupakan hasil pengembangan yang dilakukan Cahyo dari hasil penelitian yang dilakukanDinda Eling Kartikaning Sasmito, Mahasiswa Prodi Magister Teknik Informatika FTI UII, sebelumnya dengan konsentrasi Polymerase Chain Reaction (PCR) tahun 2017. PCR merupakan metode enzimatis untuk melipatgandakan secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu secara in vitro. Penelitian ini bekerja sama dengan PT Panah Merah Indonesia (EWINDO), perusahaan yang membuat benih tanaman.
Menurut Cahyo Dwi Raharjo yang didampingi Izzati Muhimmah ST MSc PhD, Ketua Prodi Teknik Informatika Program Magister FTI UII, MOGA merupakan konsep yang menggunakan lebih dari satu fungsi objektif atau satu fungsi fitness dapat diformulasikan dari beberapa fungsi objektif. Penelitian ini untuk mendesain DNA primer dan DNA probe secara optimal.
“Pada salah satu kasus, EWINDO mengharuskan proses desain lebih dari satu sekuen secara bersamaan. Saat ini desain di EWINDO masih sangat lama yaitu 20 sampai 40 sekuen sehari (8 jam kerja). Karena itu, saya menggunakan MOGA sebagai solusi,” kata Cahyo yang akan diwisuda Sabtu (29/6/2019).
Dikatakan, PCR dapat digunakan untuk mengidentifikasi dan memanipulasi DNA, mendeteksi patogen berbagai penyakit (HIV, hepatitis, TBC, Avian Influenza), mendeteksi variasi genetik, kajian forensic dan paternity serta analisis genetik lainnya.
Sementara Izzati Muhimmah mengatakan, hasil penelitian ini bisa membantu karja ahli biologi molekuler yang dapat bekerja lebih cepat karena MOGA memiliki kecepatan 25 kali lipat dibandingkan dengan penentuan DNA secara manual.
“Keunggulan lain dari MOGA selain kecepatan adalah menggunakan Bahasa Indonesia sehingga mudah digunakan oleh operator yang biasanya berpendidikan SMA,” kata Izzati Muhimmah. (lip)
